Arnstein Mykletun leder forskningsgruppen Psykiatrisk epidemiologi og helsetjenesteforskning i Helse Bergen HF, han er seniorforsker ved FHI, forskningsleder ved Kompetansetjeneste for arbeid og psykisk helse ved NLSH, og professor i helsetjenesteforskning ved Institutt for samfunnsmedisin ved UiT hvor han leder forskningsgruppen Arbeid og helse. Mykletun leder for tiden fem NFR-finansierte, tre RHF-finansierte forskningsprosjekt og to prosjekt finansiert av direktorater.
Satsningen Controversies in Psychiatry tar utgangspunkt i naturlig forekommende praksisvariasjon, og bruker dette som naturlige eksperiment for å avgjøre hvilken praksisvariant som gir best prognose, og gruppen jobber nå med praksisvariasjon innen ADHD, tvang i psykisk helsevern, medikasjon ved psykoselidelser, og tidlig intervensjon ved psykoselidelser.
Satsningen på arbeid og psykisk helse er forankret ved NLSH og UiT, hvor Mykletun RCTer for effektevaluering av polikliniske tiltak, og naturalistiske implementeringsstudier av IPS, og effektevalueringer av tiltak mot skoledroput. Ved FHI leder Mykletun et prosjekt om økonomiske incentivers betydning i fastlegeordningen, spesielt for pasienter med psykiske lidelser.