Han er forskningsdirektør for psykiatri og klinisk neurobiologi ved det vitenskapelige instituttet ved sykehuset San Raffaele i Milano. Bendetti er en av pionerene innen forskning på kronoterapeutiske behandlingsmåter og utvikling og praktisering av kronoterapeutiske behandlingsprotokoller. Ved kronoterapi gjøres det bruk av miljøstimuli for å resynkronisere de biologiske klokkene ved affektive lidelser. Benedetti har en bred forskningsinteresse innen kronobiologi, fra studier av klokkegener, immunologi ved affektive lidelser og kliniske behandlingsstudier. Samtidig er han er fortsatt klinisk praktiserende overlege ved Hospital San Raffaele som har nasjonal funksjon i Italia for våkenterapi/lysterapi ved behandlingsresistente depresjoner.
Francesco Bendetti er en av redaktørene av den foreløpig eneste kliniske læreboken i kronoterapi: Chronotherapeutics for Affective Disorders- A Clinician’s guide to light and wake Therapy.